Identificação de Espécies por Sequenciamento 16S

Ao sequenciar a região 16S, essencial para o ribossomo bacteriano, buscamos identificar espécies através de suas características genéticas. Porém, você sabia que nem sempre isso é possível ou sequer efetivo?

Embora há alta conservação dessa região, as áreas V1 a V9 são hipervariáveis, e podem distinguir as espécies até o nível de variante/subespécie.

A dificuldade reside no fato de que, em espécies evolutivamente ligadas, as variações no 16S podem não ser suficientemente distintas. Isso destaca a importância de uma abordagem cautelosa na análise de dados e, em situações desafiadoras, é fundamental explorar outras regiões genéticas.

Embora a região 16S seja eficaz na identificação de gêneros de bactérias, sua utilidade na diferenciação a nível de espécie nem sempre é garantida. Para superar esse desafio, é crucial explorar alternativas e considerar outros aspectos.

Um ponto importante a ponderar é que, em alguns casos, o 16S pode não ser a melhor região para determinar a diferença entre duas espécies. Mesmo que elas apresentem mais de 99,5% de identidade nessa região, uma análise do genoma completo pode revelar uma menor similaridade genômica, e outros testes, como os bioquímicos podem diferenciá-las.

Se o laboratório enfrenta dificuldades com os testes atuais de 16S, sugiro as seguintes abordagens:

1. Realizar uma revisão na literatura científica em busca de estudos que tenham tentado identificar essas espécies por meio do 16S.

2. Explorar a aquisição de novos primers baseados na literatura ou desenhar novos primers para tentar a diferenciação em outras regiões. A validação desses primers deve ser realizada com todas as espécies de interesse e aquelas presentes no ambiente a ser avaliado.

3. Considerar o sequenciamento com uma cobertura mais ampla, abrangendo mais de uma região hipervariável ou, em alguns casos, até mesmo o gene completo.

4. Incluir a análise de outros genes relevantes para a avaliação de bactérias, como os ribossomais (rpoA, rpoB, rpoC, rpoD, spacer region 16S-23S), enzimas de metabolismo de DNA (gyrA, gyrB), genes de reparo (recA, recN), fator de elongamento Tu (tuf), superóxido dismutase (sodA) e chaperonas (cpn60).

Além disso, é essencial cruzar essas informações com outros testes bioquímicos, moleculares e, quando necessário, o histórico clínico do indivíduo e a apresentação da doença em análises histopatológicas.

Conte comigo para estruturar e facilitar esse processo, capacitando sua equipe a abordar independentemente outros desafios semelhantes que possam surgir.